După ocuparea Poloniei în 1939, politica nazistă anti-evreiască a intrat într-o nouă fază – aceea a ghetoizării. Autoritățile germane au început să îngrămădească populația evreiască locală în zone urbane închise, separându-i de restul locuitorilor​. În orașe precum Varșovia, Lodz, Cracovia și altele, au fost create ghetouri – cartiere supraaglomerate destinate evreilor, înconjurate de ziduri sau garduri de sârmă ghimpată păzite de soldați. Scopul declarat era izolarea temporară a evreilor, însă în realitate ghetoizarea a facilitat exploatarea lor prin muncă forțată și a reprezentat o etapă intermediară spre exterminare. Condițiile de trai din ghetouri erau, în general, inumane și brutale​. De pildă, în Ghetoul Varșoviei, unde evreii constituiau ~30% din populația orașului, aceștia au fost înghesuiți pe numai 2,4% din suprafața urbană – ajungând la o densitate uluitoare de ~7 persoane pe cameră​. Rațiile oficiale de hrană erau derizorii: un evreu primea doar ~253 de calorii pe zi în Varșovia, față de 669 pentru un polonez și peste 2.600 pentru un neamț​. Lipsa cronică de alimente, aglomerația și condițiile insalubre au dus la epidemii de tifos și alte boli, care, alături de foame, au ucis zeci de mii de oameni (ex.: ~76.000 de evrei au murit în Ghetoul Varșovia până la mijlocul lui 1942 doar din aceste cauze​). În gheto-ul Lodz, bilanțul deceselor „naturale” a fost de ~43.000. Pentru a supraviețui, locuitorii recurgeau la contrabandă cu alimente prin crăpăturile zidurilor și organizau spitale și cantine clandestine. Cu toate acestea, fiecare zi în ghetou era o luptă pentru viață, sub amenințarea foametei, a bolii sau a gloanțelor paznicilor.