Începând cu 1938 (după Noaptea de Cristal), tot mai mulți evrei au fost trimiși și ei în lagăre. Pe măsură ce teritoriile cucerite creșteau, germanii au organizat lagăre în toată Europa ocupată – ajungând la un sistem vast de peste 20.000 de asemenea locuri (incluzând lagăre de muncă, de tranzit, sublagăre etc.). Condițiile erau îngrozitoare: prizonierii trăiau în barăci supraaglomerate, subnutriți și exploatați prin munci epuizante 11-12 ore pe zi, adesea în aer liber și în orice condiții meteo​. Hrana era limitată la o fiertură apoasă și o bucată de pâine pe zi – un regim de înfometare lentă. Igiena lipsea aproape complet, favorizând epidemii de boli (dizenterie, tifos etc.). Gardienii SS aplicau pedepse sadice pentru cea mai mică abatere: bătăi, torturi, execuții sumare. Scopul multor lagăre a devenit „exterminarea prin muncă” – prizonierii erau forțați să muncească până la epuizare și moarte. De exemplu, la lagărul Mauthausen (Austria), deținuții erau obligați să care blocuri de piatră urcând „Scara Morții” cu 186 de trepte, până când cedau; la Mittelbau-Dora, erau puși să asambleze rachete V2 în tunele subterane toxice. Viața în lagăr era o luptă continuă pentru supraviețuire, unde speranța de viață se măsura uneori în săptămâni sau luni, mai ales pentru cei slăbiți.

Odată cu planul Soluției Finale, naziștii au adăugat un nou tip de facilități: lagărele de exterminare. Acestea au fost complexe construite explicit cu scopul uciderii sistematice în masă a oamenilor, devenind scena Holocaustului propriu-zis​. Primele au apărut în Polonia ocupată: lagărul Chelmno (Kulmhof) a început exterminarea cu gaz în decembrie 1941, urmat în 1942 de lagărele secrete din cadrul Operațiunii Reinhard – Bełzec, Sobibór și Treblinka. Aici, procesul era industrializat: trenurile aduceau transporturi de evrei direct pe rampă, victimele erau dezbrăcate sub pretextul „dușului de dezinsecție” și apoi împinse în camere de gazare camuflate (în care era pompat gaz toxic – monoxid de carbon de la motoare, în cazul Reinhard). Întreg transportul putea fi omorât în câteva ore, iar corpurile incinerate în gropi uriașe. După conferința de la Wannsee (ianuarie 1942), s-a decis extinderea programului: la Auschwitz-Birkenau (în Polonia) și Majdanek (lângă Lublin) au fost instalate camere de gazare cu Zyklon B, un pesticid pe bază de acid cianhidric. Lagăre precum Auschwitz combinau funcția de concentrare/forță de muncă cu cea de exterminare – unii deportați erau selectați pentru muncă, iar majoritatea (bătrâni, femei cu copii, bolnavi) erau trimiși direct la gazare. Astfel de lagăre ale morții au devenit epicentrul genocidului: la Auschwitz-Birkenau, cel mai mare lagăr nazist, se estimează că peste 1,1 milioane de oameni au fost uciși (dintre care peste 90% evrei)​; la Treblinka ~800.000, la Bełzec ~600.000, la Sobibór ~250.000 – aproape întreaga populație evreiască a Poloniei și numeroși deportați din alte țări au pierit în aceste centre ale morții. Cadavrele erau arse în crematorii sau pe ruguri imense sub cerul liber, pentru a șterge urmele​. Naziștii au încercat uneori să păstreze aparențe (la Auschwitz exista orchestra de lagăr care cânta la intrarea muncitorilor, iar inscripția cinică de la poartă spunea „Arbeit macht frei” – „Munca te eliberează”), însă realitatea era infernală.

Unele lagăre de concentrare, deși nu aveau camere de gazare, s-au transformat practic în locuri de exterminare prin condiții: la Bergen-Belsen în Germania, spre finalul războiului, mii de deținuți au murit zilnic de tifos și foame (la eliberare, britanicii au găsit acolo 60.000 de supraviețuitori pe jumătate morți în mijlocul a mii de cadavre neîngropate​). Medici SS precum Josef Mengele au efectuat în lagăre experimente medicale îngrozitoare pe deținuți, adăugând un alt capitol de cruzime.

Prin urmare, lagărele naziste – fie de concentrare, fie de exterminare – au reprezentat apogeul barbariei: un univers concentraționar în care milioane de oameni au fost supuși unor suferințe de nedescris. Ele aveau rolul de a teroriza, de a exploata economic forța de muncă a prizonierilor, și în final de a extermna popoare întregi. Puținii supraviețuitori ai acestor lagăre au ieșit la lumină ca umbre ale ființelor de odinioară, mărturisind lumii întregi dimensiunea de coșmar a Holocaustului.